江戸時代に社地の考証が行われ、幕末に下市町が鎮座地とされたが、『大日本史』では川上村迫としており、また東吉野村の神社との説もあり、下市町を下社、川上村迫を上社、東吉野村を中社とした。祭神もそれぞれ違いながらも、三社を丹生川上神社とし、今日に至っている。