1336年、後醍醐天皇は蔵王堂の西にあった実城寺を皇居とし、寺号を金輪王寺に改名。後醍醐天皇は悲運の生涯をここで閉じるも、その後南朝3代の歴史が続く。徳川時代になり、家康は吉野修験の強大な勢力を恐れて弾圧政策をとり、寺号を没収。もとの実城寺に戻し、直轄の支配下においた。明治時代になると廃仏毀釈の嵐にのまれて廃寺なり、現在は南朝妙法殿や南朝4帝の歌碑も建つ皇居跡公園として整備されている。