元は吉水院と称し、白鳳年間に役行者の創立といわれ、吉野修験宗の僧坊であった。その後は修験道のと共に発展したが、明治維新の神仏分離により、吉水神社となる。
吉水院の寺伝には、文治元年に源義経が潜居し、延元元年に後醍醐天皇行在所となり、文禄３年に豊臣秀吉の花見の本陣となるなど、さまざまな歴史を伝える。