正暦3年（992）に一条天皇の勅願により、九条関白藤原兼家の子である兼俊僧正が建立。最盛期には八十あまりの僧坊を持つほどの規模を誇っていたが、南都焼討ちにより大半が焼失。

その後、中興の祖・新円により再建されるもまた兵火により衰退し、現在も本堂は仮金堂のままで復興できずにいる。江戸時代前期に建てられた塔頭の福寿院客殿と本尊の金堂薬師如来倚像は重要文化財に指定されている。

清酒発祥の地といわれており、参道脇を菩提仙川が流れる。紅葉の美しさは「錦の里」と形容されるほどで、毎年大勢が紅葉狩りに訪れる。