伝承によると、聖徳太子が開創、慶円上人の中興と伝わる寺院。『大三輪町史』では空海開基の説も考えられています。鎌倉時代末期頃から大神神社の別当寺の地位に立ち、「三輪別所」と称されました。かつては東西500m、南北330mの境内を持ち、室町時代の絵図では、大神神社の南に慶円上人開山堂のほか、行者堂・御影堂・本堂・一切経堂など七堂伽藍のほかに12の坊舎があったことがわかります。現在の平等寺は昭和52年（1977）に曹洞宗寺院として再興されたもので、旧本堂は現在地の300m東にあったとされています。