蘇我倉山田石川麻呂が、舒明天皇13年（641）に造営着手した古代の寺院跡。
大化5年（649）、石川麻呂は反逆の罪をきせられ山田寺で自害。その後石川麻呂の嫌疑が晴れ、天智・天武により山田寺の造営を再開、天武14年（685）に、講堂の本尊丈六像の開眼供養が行われ山田寺は完成した。なお、この丈六像は、文治3年（1187）に興福寺宗徒により持ち去られ、現在は頭部のみが興福寺に残っている。

発掘調査により金堂、塔、回廊、講堂、宝蔵、南門の跡などを検出した。その中でも特筆すべきは、土砂崩れかなにかで倒壊した、金堂の東面回廊がそのままの形で発見されたことだ。「日本最古の木像建造物」として復原された東面回廊は、高市郡明日香村の「飛鳥資料館」で展示されていて、当時の木造建築の技術がうかがい知れる。