第5代将軍 徳川綱吉の側用人として幕府に仕えた柳澤吉保が甲府藩主に赴任した際に、同家の菩提寺として宝永7年（1710）に創建しました。享保9年（1724）、第2代藩主・吉里の時代に大和郡山藩へ国替えとなり、これに伴って寺も現在地に移されました。

黒塗りの山門は郡山城の南御門を移築したもので、豊臣時代唯一の遺構。また境内には高浜虚子が永慶寺で詠んだ「秋雨や 車無ければ 歩くまで」の句碑が建ちます。