わが国最古の神社の一つとして知られ、古くから「三諸（みもろ）の神奈備（かんなび）」として、神の宿る山と崇められてきた。記紀には大神（おおみわ）の神がいろいろな形で登場し、これらを三輪山神話と称する。

神殿をもたない古い神社形式をとどめ、拝殿奥に三輪鳥居が立つのみで、背後の三輪山（467.1m）を神体山（ご神体）とする。

祭神の大物主神（おおものぬしのかみ）は、大国主神とともに国土草創の神として知られる。また、酒と薬、縁結びなどにご利益がある神として、「三輪の明神さん」と呼び親しまれ、参詣する人が絶えない。