創建は白鳳期。縁起によれば、天智天皇の時代、この地で掘り出された大石が、光明を放ち、また仏の姿に似ていたので、天皇はこの石に弥勒仏を彫らせ、堂を建てて祀ったという。

中将姫が曼荼羅図を織るとき、化女があらわれて蓮糸を井戸で五色に染めたという伝承の井戸（中将姫の染の井）が境内にあり、別名を染寺ともいう。

その後の沿革は明らかではないが、現在の堂宇の大半は、江戸末期の文化年間に聖阿によって建てられた。

1991年（平成３）には、弥勒堂の建て替えにともなう発掘調査で、白鳳期の弥勒石仏が出土し、石光伝説を裏付けるものとして注目された。