2基の三重塔は、古塔の双塔としては唯一の現存例である。
中之坊や奥院などの頭塔はボタンの名所としても有名。
寺伝によると、612年（推古20）に用明天皇の皇子麻呂子皇子（当麻皇子）が、河内国交野郡山田郷に二上山万法蔵院禅林寺として創建、その後、681年（天武10）に瑞夢によって、麻呂子皇子の孫の当麻真人国見の手で現在地に移建されたという。